尽管经济协议让两岸经贸关系更为紧密，不过经贸交流的增加并没有带来政治关系的改善，台海军事紧张正在逐渐升高。
新闻周刊说，虽然马英九上任后，台海情势比起主张台独的前总统陈水扁时期和缓许多，不过台湾联合报9月间公布的一个民调结果显示，只有5%的受访者赞成台湾与中国统一，表示两岸和平统一的前景比以往更为黯淡。
台湾综合研究院顾问阮铭在接受美国之音采访时说，两岸签署经济合作框架协议(ECFA)后，包括台湾陆委会和一些媒体所做的民意调查结果，都显示台湾绝大多数的人都希望台湾维持现状。
阮铭说：“绝大多数的人都不愿改变现状，赞成统一，不管是现在统一或是将来统一，这个比例都是很小的。民众多数要来赞成统一，不管是什么形式，现在恐怕都还离得很远。”
曾任中共中央党校理论研究室主任的阮铭说，虽然中国希望两岸在经济关系稳定后能够朝政治谈判的方向发展，不过在他看来，这恐怕还需要一段很长的时间。
阮铭说：“政治上的谈判恐怕还要很长一段时间，而且要看中国自己的表现。现在中国这个形象，至少在政治制度方面，还不能给台湾人一个好的印象。”
联合报9月中公布一个8月底做的电话调查结果，显示在受访者中，赞成两岸永远维持现状的比例为51%，赞成两岸尽快统一的占5%，而赞成台湾尽快独立的比例是16%。
联合报说，和该报2000年做的同一民调结果相比较，主张急统(尽快统一)或缓统(现维持现状再统一)的比例，10年来一共减少了15个百分点，主张急独(尽快独立)或缓独的比例则略多5个百分点。
新闻周刊援引台湾国防部副部长杨念祖的话说，中国对台军事威胁正在不断增加，马英九也表示将继续对外采购武器，不过中国国防部长梁光烈在和美国国防部长盖茨会面时，仍然强调美国对台军售是美中之间军事交流的最大障碍。
