台灣與中國簽署ＥＣＦＡ之後，對台灣農民究竟是利多還是利空，官方和學界的說法出現重大落差。政府在宣傳ＥＣＦＡ的廣告中，聲稱「台灣農產品出口到中國成長二．六倍」，但根據農委會自己提供的資料，今年一到八月台灣與中國的農產品出口貿易逆差，從去年八千兩百萬美元擴大到九千兩百萬美元，增幅達一成二。若再加計中國走私來台的部份，逆差增幅將擴大。
行政院農業委員會副主任委員胡興華表示，台灣對中國大陸的農產貿易逆差一直在減少，簽訂兩岸經濟合作架構協議（ECFA）對台灣的農業很有利。2007年時雙方逆差是新台幣2.8億元，到了2010年是1.3億，減少了一半以上。
不過，根據農委會「農產貿易統計查詢系統」，今年一到八月我國出口中國總共四．二八億美元，比去年同期成長兩成八；從中國進口值為五．二億美元，同樣成長兩成五；貿易逆差也從去年八千兩百萬美元擴大到九千兩百萬美元，增幅達一成二。此一趨勢值得重視。
兩岸去年簽署ＥＣＦＡ，中國為「讓利」給台灣農民，將文心蘭切花、茶葉及石斑魚等十八個稅項、十三種農產品納入早收清單，並從今年開始降稅。早收清單中的六種農產品，一到八月出口值均低於新台幣一百萬元，如檸檬出口不到一公噸，哈密瓜與火龍果不到兩公噸。香蕉、柳橙今年出口值與出口量僅為去年的一半與兩成。
農委會在廣告中宣稱「冷凍秋刀魚成長九倍、甲魚蛋成長二十三％、茶葉成長八十九％」。實際上，秋刀魚今年銷中狀況雖較去年好轉，但出口值比前年仍減少兩成五，出口量更比前年驟減六成。甲魚蛋、茶葉今年出口量比去年少，出口值則不相上下。
開南大學榮譽講座教授吳明敏強調，兩岸農產貿易「來（台灣）的比去（中國）的多」，顯示ＥＣＦＡ並無法改善兩岸農業結構。前台大農學院長楊平世指出，ＥＣＦＡ也無力解決香蕉、龍眼、芭樂等農產品的產銷失衡，反而傷害台灣農業，讓兩岸農業貿易逆差擴大。他們認為，政府的廣告宣傳太「吹噓、誇大」。
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