中日之间经济贸易往来也陷入了空前未见的低潮。
中日两国因为主权争议导致经济受到影响，学者认为其结果实际上是“两败俱伤”、没有好处。
日本政府将钓鱼岛（日本称尖阁诸岛、台港称钓鱼台列岛）所谓“国有化”导致双边关系陷入空前紧张。
中国民间抵制日货、取消到日本旅游、停止邀请日本厂商和团体参加展览、日系汽车厂传出减产消息等等，显示已经影响了两国贸易。
伦敦亚非学院的孙来祥教授向BBC中文网分析说，短期来看虽然似乎是日本受到了很大的损失，但是长期而言却是两败俱伤。
他表示短期来看，日本似乎会受到较大的损失，但是长期而言，对中国的经济也会造成不利的影响。
孙教授说，在全球化的背景之下，现在许多企业已经是“我中有你、你中有我”，伤害的不见得只是对方。
例如在华的日系汽车，实际上是在中国生产、使用的零部件大部分也是在中国生产，更是由中国工人组装。
孙来祥教授认为，虽然亚洲其他国家向日本在华企业招手，但是很多日本企业在中国投资就是因为着眼中国市场，因此短期内其他国家很难取代中国的地位。
但是他也指出，如果未能及早解决，日本在华企业可能会产生结构性的变化，例如由于市场份额变小，日资厂商裁员、虽然欧美厂商可以扩大生产，但是能否全部吸收日资厂商裁减的人员就很难说。
孙来祥教授说，日本受到冲击最为严重的行业，大概就是旅游业，而来自日本的报道似乎也支持这种看法。
例如大批中国旅游团取消在中国的中秋国庆黄金周假期前往日本旅游、日本的全日空、日航、中国的中国国际航空纷纷宣布减少航班，中国的东方航空甚至还推迟了首航上海到仙台的航线。
据称有日本的旅游业者形容，中日关系坠入严寒、而日本旅游业则是进入急冻。
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