儘管陸委會曾以「嚴正聲明」強調，兩岸兩會互設辦事處不涉及政治前提，更不會探討政治議題。但舉凡是否納入簽證業務、派駐人員的身分保障及民刑事免責措施，乃至於館處能否懸掛國旗、國號等問題，都涉及政治議程與內涵。
而兩會辦事處的運作，更直接由兩岸政府官員進駐辦公，體現兩岸擱置爭議、正視現實的務實態度；兩岸漸由「互不否認治權」走向「相互承認治權」階段。說白一點，兩岸雙方正透過兩會互設辦事處，為將來的政治協商試水溫、測風向。
正如陸委會多次在立法院表示，兩會互設辦事處必須基於對等、尊嚴等原則，大陸海協會來台設處各項保障與禮遇的前提是，北京也以相同方式對待海基會及我方派駐人員。
陸委會沒說出口的是，對等和尊嚴，也是將來兩岸進行政治對話與協商最重要的原則與前提。期待兩會互設辦事處早日完成，在擴大服務兩岸民眾之餘，也為兩岸平等協商、面對現實，營造更有利的對話條件。
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