针对台湾渔民遭菲律宾海上警卫队枪杀事件，台湾与菲律宾当局在星期一互派人员，就事件的原因与责任展开合作调查。菲律宾海岸警卫队官员说，如果调查显示菲律宾公务船人员违法，菲律宾会进行惩处。
台湾调查小组在抵达马尼拉后，立刻与菲律宾人员进行会晤。菲律宾经济合作办公室官员阿比拉对记者表示，双方将在未来几天持续合作。
阿比拉说：“我们刚刚结束协调会议，就未来两三天的行程进行协商。”
台湾调查小组是由屏东地检署主任检察官林彦良带队，8人小组中还包括刑事鉴定专家。菲律宾当局也派出国家调查局人员组成的小组，到台湾展开调查工作。
台湾小组领队林彦良通过翻译表示，双方的合作是基于互惠平等原则。
林彦良表示：“所有调查活动都是基于互惠平等原则，我方给菲律宾调查人员提供哪些帮助，马尼拉也会给予我们同等的协助。”
这起渔民被杀事件的争议点在于，菲律宾海岸警卫队称台湾渔船差点撞上警卫队船只，出于自卫，菲律宾人员才会对渔船开枪。但台湾渔民否认菲律宾说法。
菲律宾海岸警卫队司令艾索仁纳表示，静候调查结果。艾索仁纳说：“如果调查证明是我方人员违反相关规定，他们将面临相关的惩处。”
这起争议导致台菲关系陷入紧张，台湾已经对菲律宾采取部分制裁措施，包括冻结菲律宾劳工，削减双边贸易，召回驻菲律宾代表等。
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