从目前所披露的事件来看，受伊斯兰原教旨主义影响的暴徒，对新疆稳定所带来的伤害最為明显。七五事件中，伊斯兰极端教派「伊扎布特」组织的南疆青年是骚乱中最為残暴的一伙；喀什与和田的多次暴力恐怖事件中，袭击者也多次以杀死「卡迫尔」（异教徒）為号召；最新的吐鲁番事件中，组织者受「圣战」思想影响，通过录影来学习各种暴力破坏技术。宗教极端势力外有阿富汗、沙特等地的伊斯兰极端力量给予支援，内有失业、失地的底层农民给予后备力量，是头号敌人。
亚洲週刊社论认為，在处理新疆问题时，為避免处处树敌，应该区分主次矛盾，区别对待经济诉求、民族情绪与宗教极端主张，避免将敌人扩大化。其实，在信仰伊斯兰教的社会内部，追求现代化的世俗派别与追求政教合一的宗教派别，近百年以来一直在缠斗，埃及、土耳其、伊拉克莫不如此，从歷史来看，在中国的维吾尔人社群中也有这一倾向。為了更好地打击极端宗教势力，中央政府应该更好地团结认同国家统一的维吾尔世俗力量，而不是都将他们与宗教极端力量一起，推到自己的敌对面。
香港学者李永峰表示，当下虽然已处於二十一世纪，但伊斯兰宗教力量在新疆社会的影响却在上升，宗教力量虽然能够凝聚维吾尔民族的认同性，但其反现代性的倾向也令维吾尔知识份子担忧。「七五事件」中，出现在乌鲁木齐街头的「伊扎布特」教派成员所展示的暴力，以及他们所主张的伊斯兰极端教义，妄图把维吾尔社会拉回到政教合一的中世纪，為新疆的各族人民带来了不安的警示。
李永峰认為，当前的中国政府，以「恐怖主义﹑分裂主义﹑极端主义三股力量」的概称，将认可中国统一但强调维吾尔民族特性的新型知识份子和主张实现「伊斯兰法」统治的宗教极端力量混淆在一起，為新疆局势埋下了更大隐患。「七五事件」之后，第一个指出「伊扎布特」作用的维族知识份子海莱特，事后竟然被新疆当局判刑十五年，加深了维吾尔知识份子对当前政府的失望，甚至渐行渐远。
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