新華社報導，中共中央決定雲南省長李紀恆任雲南省委書記， 秦光榮不再擔任雲南省委書記、常委、委員職務，另有任用。中華全國總工會黨組書記陳豪任雲南省委委員、常委、副書記。
稍早有傳言，秦光榮和商人劉漢往來密切，而劉漢是中共中央前政法委書記周永康的財政支持者，七月廿九日周永康被立案審查。隨後大陸各省紛紛開會，表態「擁護」查處周永康。
七月卅日，秦光榮在雲南省省委中心學習會議上講話時指，官員「不能因為一點自身利益就舉報；自身清白幹實事的也不要怕被舉報」，並稱「雲南一百封舉報信，可能六封是實的」。
秦光榮的講話被外界視為向剛拿下周永康的中南海叫板。但秦光榮這種言論的相關帖子在官媒、網站及網路微博上迅速被刪除。
三月一日發生的昆明火車站血腥砍人恐怖事件令海內外震驚，此後秦光榮也發出和中南海不同的聲音。
三月二日，雲南昆明當局發布消息稱，昆明事件是新疆分裂勢力一手策畫組織實施。但中共總理李克強三月五日在「兩會」上脫稿譴責昆明事件中的「暴恐分子」時，並未提及「新疆分裂勢力」。
秦光榮在三月四日的中共人大會議上對媒體稱，涉案的八個人原先是想參加「聖戰」。秦光榮明顯發出和中南海不一樣的聲音。
此外，秦光榮還與薄熙來關係頗深。二○一二年二月六日王立軍闖美領館事件後，時任重慶市委書記的薄熙來到昆明十四軍「考察」時，秦光榮曾一路陪同。
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