1861年生於廣東東莞，祖籍福建海澄（今廈門），名合吉，字肇春，別號衢雲。年幼即隨父到香港，在聖保羅書院接受教育。十四歲在香港進入船廠學習機械，因意外失去右手三指，於是改習英文。畢業後任教師，之後曾任職招商局及沙宣洋行。1890年於香港創立最早的革命組織輔仁文社。孫中山1895年自檀香山返港，經好友尢列等介紹，與楊衢雲和文社成員一拍即合，在中環士丹頓街十三號「乾亨行」共組興中會總部，並推選楊衢雲為會長，負責策劃廣州起義。1901年被清廷派人刺殺於香港中環結志街52號2樓寓所。由於其親友擔心清廷滋擾，故楊的墓碑沒有名字，只有編號6348。
