有關媒體社論指出，台灣陸委會證實，有台灣多名學者和研究生到中國去作學術交流時居然被中國國安單位強行約談，以及馬總統最重要諮詢機關國安會爆發10名黑顧問、違反兩岸人民關係條例禁令，多次進出中國等，質疑國安會秘書長胡為真「缺少素養」並要求「立監兩院應即調查國安會」。對此，國安會今天回應，該社論內容有出入。
國安會回應表示，國安會為了因應世界情勢變化、環境變遷、資訊安全及兩岸開放所衍生的各類新興議題，亟需基於國家安全戰略的高度，廣蒐各方意見以利研析。因此國安會所關注的層面與方向與行政院不盡相同。
社論指國安會「破壞政府體制」、「不受監督」之部份，亦非實情。國安會議係參酌「行政院及所屬機關進用顧問管理原則」及徵詢主管機關意見，本於權責遴聘學者專家擔任無給職顧問，以利國家安全工作的研究及推展，於法有據。
其中有關工研院院長資深特助杜紫宸「安全查核」的問題，國安會議未交付任何涉及『國家機密』工作，也未違反『國家機密保護法』相關規範。
另社論指國安會為杜紫宸設置辦公室及助理等，均與事實不符。國安會設有研討室，提供討論與休息之用，國安會空間有限，並未提供專屬辦公室，也未支付杜紫宸任何費用。2011/11/24
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