由于越界捕鱼，有一艘中国渔船以及四名渔民遭到台湾当局逮捕，之后冲突更升级；同时中国方面呼吁释放遭扣押的渔民。
台湾行政院海岸巡防署第十二巡防区召集人石大诚告诉美国之音，一月十三号凌晨十八分的时候，海巡队发现有大陆渔船在小金门海域越界布网捕鱼，便进行劝导驱离，但大陆渔船不配合。在扣押其中一艘(闽同渔5150)之后，准备在扣押第二艘违法渔船时，遭到大陆渔民剧烈抵抗，并呼叫其他渔船前来将事件扩大，以砖头、木棍、勾子等攻击执法人员，爆发肢体冲突。
石大诚表示，大陆渔民越界捕鱼，已经违反“两岸人民关系条例”，而拒捕是妨碍公务，也违反了中华民国刑法。
*大批中国渔船进入台湾主权管辖渔港*
海巡队的林昌范、刘绍勤在攻击中受伤，而有四名受伤的大陆渔民则送到小金门的烈屿医院治疗。但随后有83名的大陆渔民搭乘28艘的渔船集结并进入罗厝渔港，要求放人放船，并与海巡队对峙五、六个小时之后，才接受劝导离去。
石大诚表示，是因为当时海象不佳，基于安全考量，才让这一大批大陆渔船进入台湾管辖的港口，但他也否认这些渔船是经过“同意”才进入的。他对美国之音说：“不是说同意，在现场的状况是比较难掌控的。但我们的策略是说，如果还是对峙，或是他们还是继续比较不理性的做法，我们不希望有安全的事故发生。当时状况他们的船的确是偎集在一起的。”
石大诚对美国之音说，当天晚上10点多又有大陆渔船前来同样海域，不过是将布下的网收回，而海巡署则有六艘舰艇在现场巡视。
*是否丧失主权？*
台湾智库执行委员赖怡忠则批评这是国家领导人政策方向错误导致的结果：“在马政府以两岸和缓关系为先的优先考量之下，造成下面的执法单位，在遇到中方很明显的越界或是侵权行为的时候，完全不敢以主权国家的身分进行驱逐或进行相应的动作。实际上在渔船事件发生之前，就已经出现中国插旗的中国籍的船，直接进入高雄港的事件。还有包括在左营的外海出现疑似中国潜舰。”
对此石大诚表示海巡署是依法处理，因为攻击执法人员而被逮捕的四名大陆渔民(王曾源、王瑞烈、王江船、王福培)，也将受到检察官的起诉。他并向美国之音解释，为什么进入罗厝渔港的28艘大陆渔船并没有受到扣留处置：“因为他们这次来的船，都没有船名。以往我们的经验是，你连续两次，我们就可以查扣，但是没有船名，没有同样的船型，所以在现实上，在处理上有技术的问题，是基于难举证。我们全程是有搜证的。”
赖怡忠批评这是丧失主权的做法：“就让他们走呀！照理讲这20几艘渔船进来，是不是应该全部都扣留？全部都抓起来呀！现在的气氛是，为了不要激怒中国，现在连台湾自己的主权防线，以及我们自己法治的防线都在全面退让。”
*未来能否避免冲突*
代表金门的国民党籍立法委员陈福海对美国之音表示，大陆渔船除了越界，也阻碍了俗称“小三通航线”的金烈水道，而日后双边需要更多的沟通：“在厦门对于一些渔船的管理，厦门其实已经都没有问题了，现在就是漳州跟泉州的渔船，可能没有去做宣导，他跨海域去捕鱼，会影响到小三通的航线。金门跟厦门这部分都有一定的默契，渔船都不可以进入这个航线捕鱼。”
不过台湾智库执行委员赖怡忠却认为，未来两岸冲突事件一定会越来越多，他解释：“为什么连一般的渔船都会采取这样的作为，是因为中方已经有个习惯，认为台湾一定会退让。还有另外一点就是两岸在纯经贸事务的谈判协商已经进行的差不多了，所以几乎未来如果跟经贸有关的事物谈判，一定会涉及主权。”
石大诚则对美国之音表示，在去年4月16号两岸协商议程当中已经签署了26条相关规定，希望两岸当局都能自我约束，避免日后类似冲突再度发生。中国福建当局希望台湾方面尽快释放扣留的中国渔民，台湾的海基会已经去函海协会，请相关部门协助避免类似情况再发生。
