馬政府高層人士透露，簽署和平協議並未設定公投前提，但在綠營猛攻下，府院二十日一早七點由馬英九邀集國安會、陸委會、外交部會商，馬決定上火線反擊，與會人士透露，這是有利的戰場，可以打破民進黨的公投「神主牌」。
十九日下午，府院黨高層透過電話磋商，人在日本的金溥聰也加入討論，晚間八點達成共識，確定把公投當反擊籌碼，府院開始分頭通知國安與兩岸外交首長二十日一早七點會商。
十九日晚間十點，總統府發新聞稿指和平協議要先通過公投，幾乎同一時間，金在日本也說「三條件論最關鍵是民意支持」。短短不到五小時，公投決定和平協議的論述已成，其決策內幕曲折變化快速，引起美國、日本各界，以及國際媒體高度關注。
二十日一早的府院高層會商，包括馬吳出席，胡為真、楊進添、賴幸媛等國安幕僚全員到齊，討論重點在公投的法律基礎，讓和平協議論述更完整，這屬後勤支援，隨後再由馬上火線反擊。
馬營一開始討論黃金十年，陸委會版本並未納入和平協議，直到八、九月才觸及此一議題，當時有兩岸信心建立機制（ＣＢＭＳ）與和平協議併呈，但考量ＣＢＭＳ觸及軍事敏感，最後鎖定和平協議，並納入黃金十年，成為馬營選戰主軸。
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