马英九指出，特别在520就职演说中提到，两岸应“求同存异”，而具体解决方式是双方“互不承认主权、互不否认治权”；尽管现阶段两岸已签署16项协议，拥有不错基础，但针对主权及定位问题，即使双方已有共识，但仍未解决。
据中央社报道，马英九说，身为中华民国总统，他到任何地方皆是中华民国总统，倘若中国大陆视他为中华民国总统，问题当然就解决，但目前尚未看出这个可能性。
此外，他表示，两岸现阶段虽历经4年的发展取得一些成果，但更重要的是要让此变成一种常态及长久的现象，这才是对两岸人民最有利的状态。
因此，马英九认为，“对于我个人是否能去中国大陆访问，这真的没有那么重要”，重要的是两岸人民能否在和平与繁荣的气氛下，继续发展双边关系。
谈及习近平，马英九说：习近平在福建工作过，他充分了解台湾问题。
有关大陆改善人权状况是否有助于两岸进一步对话，马英九指出，长期以来关心中国大陆的人权问题，并不是刻意要干预他们的内政，而是目前有100多万的台湾人在大陆工作、就学及经商，他们的权益也要受到保障，例如最近台湾与中国大陆谈判的“投资保障协议”，其中就包含一些有关个人安全及自由的保障，这是不可避免的，政府当然会关心。
马英九认为，两岸在这方面还有一些差距，如果能够缩短，就能有效缩短两岸人民的心理距离。在过去几年中他经常提到这一点，会持续关心这个议题，希望大陆能够务实面对过去所发生的一些问题，同时善待异议人士；“我们的出发点是善意的，而我们的依据不是西方价值，而是传统中国价值”。
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