新疆和西藏问题学者王力雄对美国之音表示，对于中国官方媒体报道的重大案件和敏感事件，他一般都是不得不持怀疑态度。
他说：“就是说，它介绍的这些东西，当然不能说全部都是假的，但是那些都是按照它所需要的方式，来透露它想透露的信息和遮盖住它不想透露的信息。所以，对于这样一种信息，你本身就处于一种不对称的地位。我对这样的信息基本都采取一种不相信。”
官方表示，现已查明，这起案件由阿不都热依木•库尔班为首的暴力恐怖团伙所为。云南省委书记对官方媒体透露，昆明事件中被捕的16岁女嫌疑人的供述称，8名袭击者曾试图偷渡国境参加“圣战”。这似乎是迄今为止外界所知的仅有的与作案动机有关的消息。
王力雄对来自新疆的这6男2女舍近求远、试图在云南越境参加“圣战”的说法表示疑惑。
他说：“他那么说去圣战，那圣战为什么他们要出去圣战呢？他为什么不是在新疆去搞圣战呢？”
中共官方的人民日报旗下的环球时报引述一名新疆反恐人士报道说，一些“东突”分子将云南视为出入国境的“便利通道”。
纽约时报报道说，近年来，许多试图逃离中国的维吾尔族人，在中国与东南亚国家接壤的边境附近被捕获到后，被遣返原籍接受处罚。报道还提到2009年曾出现过的一个引起国际关注的情况：在时任国家副主席、现任国家主席习近平带着12亿美元援助访问柬埔寨的前一天，有20名寻求避难的维吾尔族人被从柬埔寨遣返回新疆。
王力雄在接受美国之音电话采访时也提到了柬埔寨遣返新疆维族人的相关案例。
他说：“那些都是什么？有妇女有儿童的，被柬埔寨送回来。这些人到底是出去参加圣战呢，还是躲避政治迫害，还是为了自由的生活？这些，你听他们（官方）来讲的话，你并不觉得他能够解释清楚这个。”
王力雄认为，自从中共将领王震当年坐镇新疆以后，又经过反右、文革等历次政治运动，汉人与当地少数民族的关系愈发紧张，维族穆斯林长期积累的愤怒情绪得不到释放。
昆明惨案发生后，新华网报道说，习近平发出指示，要求全力侦破案件，依法从严惩处暴恐分子，坚决将其嚣张气焰打下去。他在提出要做好受伤和遇难群众的救治、善后工作的同时，也表示要深刻认识反恐形势的严峻性复杂性，但是没有提及是否有检讨或修正少数民族政策的必要性。
知名律师浦志强在昆明事件发生后发出推文对曾主政新疆多年、目前担任官办中国法学会会长的王乐泉提出问责。
原籍山东的王乐泉曾铁腕治疆长达15年，人称“新疆王”。2009年造成数百人死亡的新疆流血事件发生后，乌鲁木齐有上万人游行要求长期奉行高压维稳政策的王乐泉引咎辞职，呼吁王乐泉下课的舆论压力陡然升高。2010年4月，他被免去中共新疆党委书记，由湖南省委书记张春贤接替。
当时，香港明报报道指出，北京领导层选择张春贤出任新疆“一把手”是期望以他的亲和力推行“柔性治疆”。但是，张春贤赴任后，并没有稳住当地的紧张局面，涉及少数民族和汉族仇恨的暴力事件并未减少。仅在2011年和2012年上半年就发生了 “7•18”、“7•30”、“7•31”、“2•28”等多次被官方定性为暴力恐怖活动的事件。
两年前，也是在北京两会期间，张春贤对众多媒体记者强调要坚定推行强硬的稳疆政策，却没有提出治本的有效策略。他表示，新疆发生的流血事件与国际背景是有关系的，与“三股势力”、周边形势、世界反恐形势可能都有直接和间接的关系。他当时还留下了一句名言：“新疆对暴力恐怖分子不能施仁政。”
浦志强在接受美国之音电话采访时也就北京中央政府对昆明血案的反应和处理提出批评。
他说：“我们堂堂这么大的一个国家，习近平讲要毫不手软，一定要把恐怖分子的嚣张气焰打下去。我个人感觉这不是一个大国之君的风范。对待恐怖主义的行为，我觉得，既要有非常缜密、非常有效的反恐措施，而且更重要的是，要分析他（肇事者）这样做的原因究竟是什么。有的时候，基于宗教，或者基于种族、民族之间的这样一些东西，有可能会走极端。理论上讲，一个再好的制度，再好的民族关系、国家之间的关系，可能都不足以绝对地消灭恐怖袭击案件。”
浦志强接着指出，尤其是9-11事件以来这十几年，世界一直生活在这种时隐时现的恐怖之中。他认为，他觉得中国近年来发生的恐怖案件似乎有些过于频繁，其根本原因亟待探索查明。
张春贤在正在举行的北京两会期间把翻墙等信息技术指为暴恐事件频发的一个原因。财经网援引他的话说：“翻墙等信息技术手段也造成暴恐事件上升，而翻墙是在有网络信息技术控制的国家和地区所特有的现象。”
中国经济研究学者吴迪则把新疆问题的分析重点放在经济层面上。他在新加坡联合早报上分析新疆恐怖主义恶化原因的文章中指出，其中一个重要的原因就是虽然中国的市场经济在新疆迅猛发展，但维族人的参与度却严重不足，并且正在不断被边缘化。
文章说，一个非常典型的例子就是，作为新疆经济发展最重要引擎之一的新疆生产建设兵团，雇佣了新疆人口的14%——250万人之多，但只有区区25万人是当地穆斯林。文章问道：就业机会和商业机会被汉族移民垄断，怎能不令维汉矛盾深化？
但是，也有分析人士认为，由于制度的原因，即使新疆的经济问题成功获得解决，当地长期积累的民族矛盾也难以一时化解。
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