總統府人權諮詢委員黃俊杰教授表示，司法實務應特別注意納稅者權利保護議題，因為兩公約之施行，讓納稅不再只是人民應盡之義務，更重要的是許多憲法保障的權利，尤其是對稅捐之給付應予公平對待。黃俊杰以爭訟近20年的太極門稅務冤案為例，太極門經三審級法院判決無罪確定，無詐欺、無漏稅、無違反稅捐稽徵法，並確定「弟子贈與掌門人之敬師禮，屬贈與性質，依所得稅法第４條第１７款屬免稅所得」，確定敬師禮為贈與，弟子代辦並非營利販售，與掌門人無關，然而稅務機關卻仍依據違法之起訴書，繼續將敬師禮當做補習班學費，發出違法稅單，人權侵害長達18年，至今依然持續進行中！
黃俊杰認為此案已涉及宗教、信仰人權及平等對待的爭議。根據學者的研究、以及太極門經中華民國道教會及台北市道教會核准加入為團體會員，應具有道教資格，因此，若弟子基於精神信仰認同所為之無償餽贈，則性質上應認屬贈與之行為，依遺產及贈與稅法第7條規定，贈與稅係向贈與人（受教弟子）課徵，而此時其師父受贈之金錢，依所得稅法第4條第1項第17款規定則屬免稅所得，且受贈人尚無申報之義務。依財政部64年的函釋，理應比照其他宗教團體免納所得稅，不應列入「所得稅法」課徵。因此如果政府以影響團體運作的方式，要求改變敬師禮的性質，就構成對文化團體的歧視，違反經社文公約。
黃俊杰指出太極門81年度綜合所得稅，雖經最高行政法院判決定性為補習班而予補稅及罰鍰，然而，太極門並非經教育主管機關核准立案的補習班，不符合補習班之形式要件；且教育部亦二度公開及公文證明太極門的的確確不是是補習班；民國101年8月3日財政部台北國稅局重核復查決定書也明確指出太極門並非補習班。黃俊杰認為，有開啟行政訴訟再審之必要性。甚至，稅捐稽徵機關亦應依行政程序法第117條及第128條規定，主動排除有瑕疵之行政處分，撤銷稅單，確保納稅者之權益維護。但實務上並未對此問題加以處理。
「如果實際的定性有錯誤，國家的裁判本身有問題，國家就應面對這問題。」黃俊杰說，如果只限於未經行政救濟程序的個案，才能依照行政程序法第117條跟行政程序法第128條撤銷稅單，則無瑕疵擔保的依法行政的請求權，跟國家合法性的要求，何時能用得到，又如何能處理違法行政處分的問題？如何實踐公政公約第2條第3項有效救濟的權利保護？
台北商業大學財稅系主任黃士洲也認為，太極門冤案不是適用法律錯誤，也非計算錯誤，而是認定事實定性的錯誤問題。「太極門冤案像一面鏡子，照出現在諸多不足卻沒辦法改進的稅制問題。」黃士洲依其觀察指出，「案子已經確定或已救濟完畢，之後還有不服，如何重啟再審？」他表示，現今技術層面上存在一個隱藏在法條、卻沒辦法凸顯出來的問題：稽徵機關或行政法院體系，用非常綿密的組織，把人民權利架空，以非常嚴苛的程序要件，卡住人民訴求翻盤的機制。「再審在判決30天內要提出，一來時間很短；二來除非有發現新事證，按照統計數據來看，幾乎一年不到一件再審，而這一件案子成功的機會非常非常低。」黃士洲據研究認為，人民的勝訴率只有2%到3%。
長期研究行政法院判決，黃士洲指出，行政法院的法官或審理過程中的代理人的專業性不夠，大法官解釋是人民訴求行政救濟最終的一條路，然而100件到最後可能只剩一件到大法官，中途陣亡的99件，最後得到適用法律本身有違反憲法，一路走來很辛苦。即便案子啟動了，但最高法院以「案子必須發回重核，才知到底有沒有違背法令」為由，導致個案還是沒辦法得到最終的救濟。
中華民國會計師公會全聯會稅制稅務委員會副主委蔡文精提出諸多弊端，像是課稅程序不正義；太過拘泥條文，反而把原則忘記了；高等行政法院形同虛設，法官審理方式非常怠惰；稅法北中南不一；開單非常不嚴謹，很多是先開單再找理由；稅單一下來，就開始做一些稅捐保全的事情，動不動就被限制出境，甚至帳目被凍結時，當事人可能都還不知道等等。
蔡文精呼籲，就像這次的選舉一樣，必須要有更強的公民和網路的監督力量，課稅有沒有符合公平正義？「課稅要有具體的證據，主管機關應貫徹實質課稅的精神，而不是培養一些愛國裁判，只有對他有利的，才有實質課稅的問題，對納稅義務人有利的，就不採實質課稅認定。」他認為，像太極門案應該用實質課稅原則來認定是贈與。財政部必須扛起責任，不能讓各區局自己為所欲為，造成課稅方式不一致，人民會無所適從。
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