3月18日，刊发了调查记者王克勤的「山西疫苗乱象调查」报道，揭露由于官员贪腐，上百名山西儿童可能因不合格疫苗而致病、致残甚至致死的《中国经济时报》，在其官方网站上刊出声明，对山西省卫生厅对此报道的自我辩护进行反驳和说明。
17日，该报道刊发后，引起巨大反响，包括本台在内的许多媒体转发或援引了此报道。当天下午，山西省卫生厅即通过官方新华网发布消息，称“目前，山西省未接到因注射疫苗出现聚集性异常反应的报告”。当晚，山西省卫生厅再次通过新华网发布消息，称“报道基本不实”。并称，“对有关报道中提到的15名致伤致残儿童，山西省卫生厅已根据线索，紧急安排人员赴基层逐一作调查核实”。
17日晚间，卫生部新闻办公室在卫生部网站发布公告，称“卫生部对此高度重视，立即开展有关调查工作，要求山西省卫生厅尽快报告预防接种异常反应监测新的情况”。
《中国经济时报》社声明称，到目前为止，山西省卫生厅及其他部门均未同该报就此组报道进行直接联系，亦未同采写此组报道的该报记者王克勤联系。由于为保护未成年人权益，报道中对大部分患儿使用了化名。山西省卫生厅称“已根据线索，紧急安排人员赴基层逐一作调查核实”，却未联系该报要求提供患儿的真实姓名等线索，中国经济时报据此质疑，所谓的调查核实如何进行。而在这些调查尚能未有效展开之间，该报也对山西省卫生厅当即断然宣称“报道基本不实”表示“强烈异议”。
《中国经济时报》社声明称，记者在长达半年的调查采访中，收集到了70多名患儿的病历等相关资料，并对其中36名患儿家属进行了面访。并掌握了大量证明山西省疾控中心存在高温暴露疫苗、官商合谋垄断疫苗市场等问题的证据，包括人证、物证、录音录像等。
报社据此认为，“由于存在这些问题，必然可以得出疫苗品质可疑的推论。并且，这些问题的出现与几十名患儿的死、伤在时间上关联度甚高，不能排除其存在内在相关性的可能。”报社认为，疫苗安全攸关数千万百姓、特别是婴幼儿的生命健康，因此，对此组报道的采访和刊发高度重视，也十分审慎，愿对报道涉及的全部事实承担法律责任。并表示，“愿为有关方面的调查工作提供最大程度的支持与配合。”
