南京塑胶厂大爆炸当局公布的死亡数字，引起各界质疑。官方说迄今有13人，但中国著名慈善家陈光标接受上海卫视访问时称：“现场抬出一百多具尸体出来。”此外，当地某家电视台披露，江苏省官员曾要求将死亡人数控制在10人之内，还强迫医院要重伤者撑三天之后才准许死亡。
根据有关规定，在事发后三日内死亡算是“因故死亡”，地方领导要为事故负责任，但三日以后死亡则属“因伤死亡”。南京一名电视台透露，前日有单位领导向媒体派红包，务求要将死亡数字控制在 10人以内。
有关规定同时界定死亡人数在10人以上属重大安全事故，30人以上则属特大安全事故。因此，10人以下死亡，属一般事故，官员所受的处罚轻微。反之，死亡人数越多，官员乌纱难保。
南京市当局29日下午举行记者会，声称在清理现场时发现三具遗体，令事故死亡人数增至13人，另有 120人住院治疗，14人重伤。事故中有4300多户民居在此次爆炸中受损。市政府发言人称，这次事故所造成的经济损失非常巨大，目前，具体数额仍有待统计。由于事故重大，国家有关部门的领导29日晚亦亲抵南京，现场指导救援和善后处置工作。
不过针对官方的说法，以及南京媒体被下令低调报道，不少网民大表不满，有网上帖文宣称：“120人住院能挤满全市医院？用光全市血液？”其中第一名致电报案、距离现场300米的中国著名慈善家、江苏黄埔再生资源利用有限公司董事长陈光标，接受上海衞视访问时说：“具体死亡情况我不清楚，反正现场抬出一百多具尸体出来。”而包括上海衞视、北京《中国青年报》的记者29日在当地多间医院采访时，亦称每间医院都是人满为患，估计单一医院已有四、五百名伤者。
虽然全国各大城市的报章都以这场大灾难作头版报道，惟独事故地点南京的媒体却十分低调，只有《现代快报》将爆炸事故放在头版。而当地销量最高的《扬子晚报》有工作人员在官方微博上留言：“今天，很多人骂本报，这是我们预料到的，事实上原本我们准备了九个版，变成现在这模样，我们悲、怒还有痛。”
此外，陆续有网民将江苏省委书记梁保华的秘书徐光辉，在事发当日阻止电视台记者进行现场直播的短片放上YouTube，也有民众披露当局瞒报、封锁消息。一名网民引述当地的医生称，医院要求他们尽力救治重伤者，并且让他们“撑过三天”，因为三天后死亡被归类为“因伤死亡”，领导可推卸责任。
