社会各界对三峡工程对环境造成的影响一直存在争论。
中国国务院承认，三峡工程蓄水后对长江中下游带来了不利影响，并要求妥善处理。
自从三峡大坝修建以来，关于其对环境造成负面影响的争论就没有平息过。
但中国当局一直突出强调三峡工程的带来的正面影响。
中国总理温家宝周三主持召开了国务院常务会议，讨论通过《三峡后续工作规划》和《长江中下游流域水污染防治规划》。
会议指出，三峡工程在发挥巨大综合效益的同时，在移民安稳致富、生态环境保护、地质灾害防治等方面还存在一些亟需解决的问题，对长江中下游航运、灌溉、供水等也产生了一定影响。
《第一财经日报》引述武汉大学水利水电学院院长谈广鸣教授称，三峡蓄水对下游的不利影响主要体现在两个方面，其中一个是集中蓄水期会对下游的水位和通江湖泊水位下降造成一定影响。
谈广鸣教授认为，三峡蓄水对中下游的另一不利影响是泥沙减少，对河岸冲刷明显。
国务院的会议提出，要实施工程整治，稳定河势，加固堤防，改善航道和取水设施功能。还要实施生态修复，改善生物栖息地环境，保护生物多样性。加强观测研究，优化水库调度。
《长江中下游流域水污染防治规划》的范围，包括尚未纳入水污染防治规划的长江干流、长江口、汉江中下游、洞庭湖和鄱阳湖等5个控制区，涉及8个省。
