陈日君出席「天主教教育之伦理价值与国民教育研讨会」时，批评教育局建议推行的国民教育内容含糊，而且是非常危险，担心演变成法西斯式极端国家主义，毒害香港下一代。他说：「你们（教育局）到底要我们教些什么？是不是要毫无保留欣赏共产党执政的历史，绝对服从中央指示才算爱国？」
他又形容国民教育是「温水煮蛙」，指他们现在说得很模糊及温和，「但我们知道有些事在背后，追问多些他（政府）会克制点」。陈日君又暗示教育局提出的国民教育，其实背后乃中央操控。他说：「这个政府到底是不是曾荫权的？这一切（国民教育），大家都知道来自何处。我们出于爱国，就要勇敢维护一国两制。」
此外，天主教教育事务处宗教及道德教育课程发展中心总课程主任陈乃国表示，教区学校每周已有两课公民教育科，国民教育已包括在内，因此促请政府容许校本自决。
香港天主教区目前正就办学权的法律争拗与政府打官司，而且官司已经打到最高的终审法院。根据特区政府的《校本条例》，办学团体必须成立一个校董会，办学团体的董事人数最多只能占六成，其余则由经选举产生的家长代表、教师和校友出任。但天主教区反对这项条例，认为有违教会办学宗旨，而办学团体今后很难制衡政府，「拿走了办学权，学校直接向政府负责，政府想做什么就做什么，将来如想推行任何所谓的国民教育，我们已无任何方法制衡。这两件事（国民教育及《校本条例》）完全有关系。」
陈日君虽然对终审法院有信心，但扬言一旦输掉官司，天主教区可能停办40多家教会的中、小学。
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