台湾前总统陈水扁在公元两千年上任后，赖幸媛以绿营身分担任国安会咨询委员，并于2001年出任台湾申请加入WTO的政治协商主谈代表，透过三位美国官员，间接和大陆的代表龙永图打交道，当时龙永图提出五项政治条件。
一、在台湾的入会文件中接受一国两制，也就是台湾港澳化；二、在入会文件中承认台湾不是主权国家；三、入会后台湾的WTO代表及相关官员的头衔不能有主权意涵；四、台湾不能主办部长级会议；五、除了经贸部长外，其他部长都不能出席WTO会议。
如今国民党立委丁守中指控，当时赖幸媛只守住第一项，其他四项都屈服于对岸，直到2003年2月，中共又向WTO秘书处抗议，要把台湾的「常驻代表团」名称改为「常任代表办公室」，当时台湾驻WTO大使颜庆章才发现，赖幸媛早已在工作小组报告中作出「去主权化」的让步，行为丧权辱国，不适合担任驻WTO大使。
赖幸媛则反驳说，2001年台湾入会前夕，中国大陆坚持台湾必须港澳化，但经过她全力争取，台湾以「完全且平等」的会员资格入会，避免被港澳化。
接着她把矛头对准台湾前驻 WTO大使颜庆章，她说，在大陆压力下，2003年2月，WTO秘书长苏帕猜向颜庆章提出前述五点要求，要求更改台湾具有主权意涵的各项权益，颜庆章发电报建议扁政府接受，但扁政府不愿让步，经过她拜访几十位各国驻台代表，又在三个月内拜会了二十多国驻WTO代表团代表，才阻止了WTO秘书长苏帕猜的图谋。
赖幸媛建议台湾的监察院介入调查，追究2003年苏帕猜向台湾施压案中，台湾失职官员的责任。
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