马英九这个说法，大陆方面到目前为止并没有什么特别的反应，倒是台湾内部，包括前总统李登辉和民进党都公开表达反对。
李登辉说，马英九的说法扭曲历史，他在1997年就以总统身分向国际社会宣示两岸是「特殊的国与国关系」，因为「我国」不包括「中国」，所以不会有「两区」的概念。
他还说，两岸政治定位最关键是台湾在1991年终止动员戡乱时期，当年他在国际记者会强调，双方是各自独立的政治实体，称对岸为大陆当局或中共当局，这才是对台湾最有利说法。
民进党发言人林俊宪也说，「一个中华民国，两个地区」是自欺欺人，因为宪法的「地区」是在规范两岸人民的交流，而不是用来规范两岸关系。
国民党对李登辉这个前主席也很头大，立即公布许多证据，证明台湾的两岸定位，真的都是李登辉打下的基础，是李登辉自己出尔反尔。
国民党说，1990年10月，李登辉在总统府成立国家统一委员会，指出「中华民国的各项建设虽然局限于台澎金马地区」，但「不放弃对全中国的主权」。
1991年2月，李登辉又主导通过「国家统一纲领」，明白记载「大陆与台湾都是中国的领土」。
1992年8月，李登辉主导的国统会委员会议又做出「关于『一个中国』涵义」的三点结论。明白显示，海峡两岸都坚持「一个中国」原则，但双方所赋予的涵义有所不同，台湾这边认为「一个中国」应指1912年成立迄今的中华民国，其主权及于整个中国，但目前的治权仅及于台澎金马。
因此国民党强调，「一个中华民国、两个地区」这个定位，就是21年前李登辉所主导推动的，国民党都握有书面证据。
至于大陆国台办发言人杨毅则对台湾联合报表示，这是长期以来台湾在法律层面，对两岸关系所持的基本态度；他并说，只要认同一个中国，其他问题都可以讨论。
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