台湾中央社报道，「广大兴28号」渔船遭菲律宾公务船枪击事件，台菲双方经连日协商，对於菲律宾提出看船等11项协助请求，及台湾提出登船验枪等10项协助请求，已达成合作调查共识。双方互派调查团，27日上午出发。
菲律宾调查团由国家调查局外事处处长德干佐（Daniel Deganzo）担任团长，团员分别来自鑑识、枪械、弹道、法医学等部门，8人抵台后将分4组展开调查工作，预定停留4天。
台湾法务部表示，菲律宾调查团27日会到法医研究所与鑑识人员会面，以了解渔民洪石成遗体验尸过程；28日到屏东地检署了解相关证据；29日到屏东与台南，随同我方人员登船检验，并到国立成功大学了解船跡纪录；30日将到刑事局做子弹弹道比对鑑识。
台湾调查小组以屏东地方法院署检察官为主，由主任检察官林彦良领队，与刑事警察局相关鑑识专家共8人组成，希望透过双方的合作调查，查明事实真相。
另外台湾外交部也对菲律宾舆论有选择地进行了转述。台湾外交部说，「每日询问者报」在25日报导中指出，「广大兴28号」船长洪育智宣称事件发生当日，该船是在「公共渔场区域」作业，也未试图冲撞菲律宾公务船，他们是在无挑衅情形下被开枪射击；罹难者洪石成的长女洪慈綪表示，洪石成的死是「谋杀」，她要求公开菲律宾海岸巡防队所拍摄的影带，并坚持菲律宾政府应召开国际记者会并对死者道歉。
台湾外交部说，「马尼拉标準今日报」25日报导指出，菲律宾政府同意台湾调查人员检视菲国海防队所掌握的录影带，并与台湾展开协商一个可能的渔业协议。马尼拉经济文化办事处理事主席培瑞斯（Amadeo Perez）表示，菲律宾司法部同意台湾调查人员检视事件影带；菲律宾农业部长艾卡拉（Proceso Alcala）希望台菲技术工作小组能在6月或7月会晤并讨论，就台菲渔业协议达成双方都可接受的方案。
此外，台湾外交部表示，「菲律宾星报」在25日以「国家调查局调查指向海防队有疏失（NBI probe points to Coast Guard negligence）」為题指出，菲律宾司法部长德利马（Leila De Lima）表示，菲国国家调查局（NBI）已有「初步发现」，希望调查人员能在台湾搜集足够证据来进行确认。消息来源指出，海防队员可能因违反接触规定、过度使用武力及职责疏失等面临起诉。
对于菲律宾公务船攻击「广大兴28号」，造成船上渔民洪石成不幸中弹身亡一事，台湾外交部表示，菲律宾参议员特立尼斯（Antonio Trillanes IV）日前在接受TV5专访时表示，菲律宾公务船枪击台湾渔民，导致台湾渔民遇难，显然已经违法，呼吁菲律宾政府应尽速采取措施，和平解决此事件。菲律宾前眾议员小陆辛（Teddy Locsin Jr.）在24日也在ABS-CBN新闻台的网路评论专区发表专文，建议菲律宾总统艾奎诺三世（Benigno Aquino III）向台湾政府正式道歉，在事件展开全面调查后作出相应的赔偿。
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