香港行政长官曾荫权在菲律宾枪手挟持人质事件中致电菲国总统一事，在中国治下的香港触发一场「次主权」争议，亲北京人士对提出「次主权」的学者及其论点大加挞伐，经提出论点的学者沈旭晖同意「用词不当」后，攻击文章偃旗息鼓，他向本台表示，他本人没有被吓倒，但若有关人士日后再用这种「文革式」的批判手法对应学术讨论，可能会影响香港的学术自由。
在八月二十三日的挟持香港人质事件中，香港特首曾荫权曾致电菲国总统阿奎诺三世，但对方没有接听。翌日，评论员阮次山在亲北京的凤山市卫视节目中批评曾荫权的做法僭越了其身分，因为香港只是一个中国属下的特别行政区，特首直接致电菲国总统是「不对等」的，若是中国国家主席胡锦涛致电菲国元首才叫对等和适当；有关言论引起网民一片骂声。
到了二十七日，香港教育学院社会科学系副教授沈旭晖发表题为《解构香港次主权 — 从曾荫权致电菲律宾总统谈起》的文章，认为香港拥有「国家赋予其领土在个别范畴有主权能量」的次主权，曾荫权致电菲国元首，不仅符合次主权的章法，而且捍卫了一国两制的尊严。
不过，对于香港的主权国中国而言，香港虽然获授权处理涉外事务，但谈论次主权是一个敏感议题，于是随即惹来前政协委员刘乃强等亲北京和建制派人士批评，刘乃强指出，「香港从来都未曾有过『主权』…沈旭辉祭出不知所谓的『次主权』假学术，使一些人可以乘机…要特区政府做出更多它没有权力做(的事情)」。
在接近两星期的争论后，港府高层智囊的中央政策组首席顾问刘兆佳教授撰文，反驳「次主权」的概念，令有关公开讨论划上句号。刘兆佳表示，「提出香港拥有所谓次主权的论点，会令一些人觉得有人意图削弱中国政府的对港主权、有人有意将香港搞成为独立政治实体、有人希望香港可以取得部分外交权力、有人借机逼使特区政府做一些超越其在基本法下获授权力的事及在特区政府做不到时予以抨击、有人试图鼓励外国介入中国内政等等」。
诚然，刘兆佳的说法高度总结了部分中国官员的忧虑，但对于数年前已开始谈论次主权、甚至在中国内地《南方都市报》和香港《大公报》均曾撰文谈及次主权的沈旭晖来说，实在有点儿始料不及。
沈旭晖接受本台电话访问时说，自己没有被吓倒，也不致于心寒，但以后讨论相关议题时会避用「次主权」的字眼，以免引起误会。他慨叹，西方讨论次国家、次主权时，根本不会把它与分裂主义、「港独」等课题相提并论，「只能说大家有文化差异吧。」
他初时不愿评论事件对学术自由有否影响，但指出，这么多人发文抨击，甚至写黑材料，「说没有AGENDA(议程)也没有人相信！」他续称，幸而这只是一些人为了表示「政治正确」和有政治敏感度而作，不是中国政府的立场。
据了解，去年为港府访京国庆观礼团成员的沈旭晖，是次争论后有向中国政府在港机构中人了解事态和立场。
沈旭晖形容，批评他的人，是「上纲上线」，又指，以「文革式」的言论抨击不同意见者的动机，会吓怕一些不食人间烟火的学者，长此以往，会对香港的自由有影响。
熟悉中国事务的时事评论员刘锐绍形容，整个争论是「无风起浪、庸人自扰」，他指出，香港人从来无意与中央争取或分享主权，近日涌现的「反次主权」论调，是中国政府在港机构「有人动员」，但实情是完全脱离香港民情。
立法会议员何秀兰接受本台访问时，直指争论过程对学术自由有负面影响，因为事态发展证明是各人「不管对错，均要收声」，只是为了要令一些北京政府认为敏感的字眼消失，便放弃讨论一种观念的对与错。
套用中方的策略用语，这叫「效果已达，不宜扩散(影响)」，但香港的学术自由可以经受多少次这样的考验？
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香港: 香港次主权争议惹学术自由受压之虞
