針對行政院於4月11日通過「大陸地區處理兩岸人民往來事務機構在台灣地區設立分支機構條例草案」，台聯黨表示，這是為中國來台設置辦處的適法性作解套，訂定了一廂情願的四個注意事項，給予特惠的八項保障，中國在此法令的保護傘之下，將正大光明來台進行情搜、統戰，馬政府此舉等同於「引匪入關」。
台聯黨團總召林世嘉表示，陸委會表示，兩會辦事處的功能，我方將積極爭取有簽發相關旅行證件之功能，但負責旅行事務的台灣旅行社駐大陸辦事處都已經在中國設置，為何要設置功能業務重複的單位?這根本是多此一舉，所以在兩會之下互設辦事處的主要動機，當然是別有用心。
2008年馮定國去訪中國時，就曾拋出此議題，互設辦事處根本就是國共默契下的行為，馬英九雖稱兩岸目前不需要政治對話，但中國來台設置辦事處其實就是ECFA之後「政治談判」的結果，對於有上千枚飛彈對準台灣的中國，來台設置辦事處，根本不懷好意，在兩會架構下設置辦事處，就是為規避國會監督，應以互設官方領事館取代兩會業務。
海協會在台設辦事處的草案規定四個注意事項：一是符合法令、二是符合國家利益、三是符合對等原則，四是是否具有處理兩岸人民往來事務之需要。除此之外，還特惠給予海協會分支機構享受八項保障：在對等原則下，海協會分支機構可以享受八項保障及便利措施。一、館舍不可侵犯，非經負責人同意，不得入內。二、財產免於搜索、扣押、執行及徵收。三、檔案文件不可侵犯。四、免於民事、刑事及行政管轄。五、電信及郵件免除檢查，得以密碼方式行之。六、稅捐的徵免。七、公務用品進出口便利。八、其他經行政院核定的保障及便利措施。
台聯黨團副總召許忠信表示，兩國互設代表處，須具有領事的功能，而且兩國平等，現在是馬政府片面的先給我中國海協會許多保障與福利，館舍不可侵犯，免於民事、刑事及行政管轄，…等，這是國際上主權的象徵，附帶的主權象徵就是領事的功能，但現今馬政府片面的承認中國的合法性，給予中國來台設辦事處擁有主權上的豁免，但是中國卻沒有答應給台灣同樣的待遇，這是片面最惠國待遇。2013/04/15
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