中華民國是南海周邊國家最早在太平島經營與駐軍的國家，1946年12月，政府派出「中業號」、「永興號」、「太平號」、「中建號」等軍艦，到西沙、南沙進駐接收島嶼，其中太平島之名就是來自接收的太平艦。
1946年後，太平島一度遭菲律賓佔領，中華民國在1956年派出立威部隊到南海威力偵巡，收回太平島後成立「南沙守備區」，改派海軍陸戰隊駐防。
陸戰隊駐防期間，在南海設有東沙守備區與南沙守備區，兵力約為一個營(約500餘人)，營部設在東沙島，太平島則派遣一加強連(100餘人)駐防。1999年國防部長唐飛宣布太平島由海巡署駐防，2千年1月正式換防，海巡署在太平島成立南沙指揮部，兵力約為百人。
2006年到2007年，政府在太平島興建1,200公尺長的簡易跑道，由陸軍工兵負責施工，從此空軍C-130運輸機可以從屏東基地直飛太平島。
因應南海周邊國家動作頻頻，國內要求陸戰隊重返南海呼聲不斷；政府在2011年開始，將訓練海巡署東、南沙新兵的任務從陸軍轉為陸戰隊。
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