專家團給予政府幾項建議，第一項就是建議政府訂出確切時間表，依照「巴黎原則」成立一個獨立的國家人權委員會，這是首要目標。聯合國大會於1993年訂定的「巴黎原則」，當中規定了有關國家人權機構的地位要求，並於國家人權促進與保障中，扮演重要角色。目前許多國家政府均在現在憲法框架外，成立獨立的全國人權保障促進委員會。
再者，專家團指出台灣在推動兩公約的問題點，自兩公約施行法生效，各機關就主管法令及行政措施是否符合兩公約規定之檢討，迄今未全面完成；司法判決中，兩公約也極少受到引述，這些都應於明確時間內納入考量，並加強人權的教育與訓練。
在遷徙自由方面，專家團表示，2011年有超過50,000名台灣人民因各種原因無法離開台灣，當中有超過18,000是因為財務與稅賦原因。稅務機關的行政決策已經嚴重違反「公民權利和政治權利國際公約」ICCPR第12條第2項，一人離開本國的人權。這些行政決策只有少數由法院判決推翻。專家認為台灣人民遷徙自由嚴重受到侵犯，已經違反ICCPR第12條第3項規定。專家建議台灣應該適當地修改法令與政策，讓稅務與其他行政機關都能遵守遷徙自由的規定。
此外，專家團對決策透明度與人民參與、企業責任、轉型正義、性別平等零歧視、原住民權利等方面，均提出許多意見。在經濟社會文化公約方面的相關議題包括：工作權、移工與其勞動狀況、最低工資與貧窮線、失能者取得適當就業機會的途徑、工會系統、對於家庭的保護與協助、住屋權、衛生權與教育權。在公民政治權利國際公約方面的相關議題建議，包括：生命權、禁止酷刑、司法、遷徙自由、針對隱私的權力、言論自由、集會自由、享有婚姻和家庭生活的權利等。違反兩公約之處，全都是專家強烈建議台灣政府必須儘速改進、修法、立法之具體建議。專家團並強調，此總結觀察與建議的目的，主要在於點出台灣政府為求全面履行其義務，應該更進一步考量之面向，因此對台灣政府在近年來所做的努力並未完全肯定，然而對於1987年後，台灣人權大幅進展，印象極為深刻。
會議主席，總統府人權諮詢委員會副主任委員柴松林教授表示，非常榮幸的邀請到十位享譽國際的人權專家遠道來到台北，為我國人權報告建立重要里程碑。委員提出的結論性意見將作為政府未來主要人權工作的方向，政府將會建立改善和監督的機制，來符合兩公約人權的意旨。來自澳大利的審查委員Manfred Dr. Nowak感謝中華民國政府在這次國家報告審查的配合上面所做的眾多努力，他並表示，委員們都來自不一樣的國家，雖然是獨立的身分，但是在人權上面都累積了多元豐富的經驗。來自菲律賓的Prof. Virginia Bonoan Dandan表示，人權是需要大家一起的努力，採取一些以人為本的措施來保障落實人權，因此，公民社會應該和政府坐下來互相傾聽彼此，這個結論性意見不是只寫給政府看的，也是寫給公民社會參考，而這一切是對話的開始。
不少國內NGO團體提出質疑，對專家團離台後，人權議題應該如何後續追蹤？巴基斯坦的Ms. Asma Jahangir表示NGO團體本身就可以做後續追蹤，因為對於台灣的現況， NGO團體比專家團更熟悉。誠如Asma Jahangir女士所言，專家來台並不是以政府顧問的角色提供建議，而是因為對於人權非常的關心，也希望透過這樣的人權審查會議，讓人民的保障都可以獲得落實。兩公約的國際審查會議雖然已經結束，代表政府必須開始針對這一份結論性意見，甚至更多沒有寫在紙本上的意見，秉持兩公約及巴黎原則的精神，重新檢視政府的政策及相關法令，真正履行政府保障人權的義務。2013/3/9
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