1919年5月8日，北大校长蔡元培递交了辞呈。
四天前，5月4日，包括北大学生在内的3000余名学子，因痛心于政府未能在巴黎和会上“收回山东权利”，举行了游行。部分学生殴打了章宗祥，并火烧了曹汝霖的住宅。事后，32人被军警逮捕，内有北大学生20人。
学生们出发前，蔡元培曾前来劝阻。他对学生们说道：
“示威游行并不能扭转时局，北大因提倡学术自由，颇为守旧人物和政府所厌恶，被视为鼓吹异端邪说的洪水猛兽。现在同学们再出校游行，如果闹出事来，予人以口实，这个惨淡经营，植根未固的北大，将要首先受到摧残了。”
队伍中满是嘘声与骂声。张国焘等人将蔡元培“连请带推”弄了出去。
5月4日晚，北大学生群集第三院大礼堂，商讨营救被捕同学的办法。众人相顾无言、束手无策之际，蔡元培步入会场，对诸生说道：
“你们今天所做的事情我全知道了，我寄以相当的同情。我是全校之主，我自当尽营救学生之责。关于善后处理事宜也由我办理，只希望你们听我一句话就好了：从明日起照常上课。”
离开大礼堂，蔡前往老上司孙宝琦的住所寻求帮助。孙在北洋政府中颇具名望，蔡希望孙能出面向当局陈说学生之举纯粹出于爱国热情。事属重大，孙甚感为难。蔡于会客室长坐不去，至深夜12时，孙终于应允次日前往一试。
5日，蔡与北京十四所高校校长集体出动营救学生。众人自警察厅一路拜访至总统府，无功而返。当日媒体报道：
“京中十四校长，赴警厅保释，未允；又赴部、赴院。大学校长蔡元培至愿以一人抵罪。”
6日，蔡元培再往警察厅，与警察总监吴炳湘辩论甚久。鉴于次日乃“五七国耻纪念日”（日本向中国下达“二十一条”最后通牒的日子），将举行国民大会，北洋政府遂通过吴炳湘与众校长达成协议：当局承诺释放被捕学生；各校承诺明日一律上课，不让学生参加国民大会。众校长质疑当局承诺是否可信，吴炳湘只得说：
“如果复课而不放学生，我吴炳湘便是你们终身的儿子。”
7日，学生被释放。蔡元培在操场召集学生训话，请他们对自己的决定“稍为原谅”，略受一点委屈“坚持上课”，希望他们“以后遇事能够坚持冷静的态度。”
在场的学生们丝毫没有意识到，说这些话时，他们的校长已写好了辞呈——早在5月4日晚的内阁会议上，执掌内阁的钱能训，便已发出“若蔡鹤卿死，则又何如？”的怒词。故而，在辞呈里，蔡元培如此解释自己为何没有在5月4日当天辞职：
“元培自任国立北京大学校长以来，奉职无状，久思引退。适近日本校全体学生又以爱国热诚，激而为骚扰之举动，约束无方，本当即行辞职；徒以少数学生被拘警署，其他学生不忍以全体之咎归诸少数，终日皇皇，不能上课，本校秩序极难维持，不欲轻卸责任，重滋罪戾。今被拘各生业已保释，全体学生均照常上课，兹事业已告一段落。元培若再尸位本校，不特内疚无穷，亦大有累于大总统暨教育总长知人之明。敬竭诚呈请辞职，并已即日离校。”
简言之便是：他放不下自己的学生，见不得他们落入权力之手。必须待学生们被释放，才愿如某些人所愿辞去校长职务。
蔡从来不赞同学生为爱国而放弃学业。他写过一篇文章，标题就叫做《牺牲学业损失与失土相等》。但他理解学生的行为，曾如此说道：
“五四运动以来，各地学生竞为爱国运动。当政府与民众立于互相反对之地位，民众中之年长而更事多者，又不敢为纠正政府之表示；学生迫于爱国之热诚，起而承其乏，诚出于不得已。然救国之道，非止一端；根本要图，还在学术。”
自清廷至民国，蔡元培政坛浮沉数十年，早看明白了这世界的游戏规则握在中老年人手里，世道也败坏在那些中老年人手里——“民众中之年长而更事多者，又不敢为纠正政府之表示”一句，便含有此意。他认同学生的“爱国之热忱”，认同他们的行为“诚出于不得已”，但仍坚持对青年学生们而言，真正的救国之道“还在学术”。
辞去校长之职后，蔡元培还给北大师生们留下了一封公开启事：
“我倦矣！‘杀君马者道旁儿’，‘民亦劳止，汔可小休’。我欲小休矣。北京大学校长之职，已正式辞去；其他向有关系之各学校，各集会，自五月九日起，一切脱离关系，特此声明。”
启事里的用典煞费苦心。“杀君马者道旁儿”——骑骏马者行在路上，道旁儿鼓掌叫好。骑马者得意非常，快马加鞭。马跑得越快，鼓掌者越多，叫好声越大。跑了数百里路，收获无数掌声，马终于倒地毙命。这是汉代《风俗通》里的故事。“民亦劳止，汔可小休”——百姓已经足够辛苦，是该稍稍得到休息了。这是《诗经·民劳》里的话。
蔡不想做那“骑骏马者”（校长），也不想让自己的“骏马”（青年学子）死于“道旁儿”的鼓掌叫好——他希望青年们的人生轨迹由自己主导，不要受了他人的利用。那些临事时只远远在站在道旁负责鼓掌者，事后毫不担责全无损失者，蔡元培见得太多。同时他也愤慨当局的压迫——那《诗经·民劳》里句子的主旨，乃是规劝周厉王不可过分压迫百姓，否则国家便将会完蛋。
这些话，不适合在报纸上直言，郁在胸中又不吐不快。于是，这位前清翰林在给北大师生的公开启事里做起了“怪八股”。但既然是“怪八股”，自然也会被人拿来利用。“杀君马者道旁儿”一句，便被人刻意解读，说“道旁儿”指的是北大学生，“君”指的是北洋政府，“马”指的是曹汝霖被烧的住宅；组合起来，“杀君马者道旁儿”一句，便是在指责北大学生不该烧了曹汝霖的住宅。
已悄然南去的蔡元培，见到自己的用心被人如此扭曲，只好又写了一封公开启事，来支持学生：
“仆深信诸君本月四日之举，纯出于爱国之热诚，仆亦国民之一，岂有不满于诸君之理。惟在校言校，为国立大学校长者，当然引咎辞职。仆所以不于五日即提出辞呈者，以有少数学生被拘警署，不得不立于校长之地位以为之尽力也。……惟恐诸君或不见谅，以仆之去职，为有不满于诸君之意，故特在途中匆促书此，以求谅于诸君。”
公开信里说得明白：他爱这些青年学生，认同他们的爱国热情；他的离职，丝毫没有不满这些青年学生的因素。
十二年后，1931年12月15日，因愤慨于政府未能击退日军收回东北，“北平各校示威团”数百人赴南京请愿。前往与之沟通的蔡元培、陈明枢，被愤怒的学生们拖倒在地，一顿痛打。六十三岁的蔡头部遭受棍击，右膀亦被拉伤。
事后接受记者采访时，蔡说的仍是：
“予个人从事教育数十年，今日在场青年之粗暴如此，实为我辈从事教育者未能努力所致，故对此亦唯有自责耳。”
这话，既是一个教育工作者对青年的理解与恕道，也是一位久历宦海的尚有良心的政治人物，对世道变迁的深刻体认。
